La pérdida en 1522, a manos de un corsario francés, de las naves en las que Hernán Cortés enviaba a Carlos V el tesoro de Moctezuma tuvo una doble consecuencia. Por un lado, mostró a Europa las riquezas que podía ofrecer América, y por otro, hizo necesaria la protección de las naves españolas en la travesía atlántica. En consecuencia, se advirtió que la navegación en solitario sería responsabilidad de quien la realizara y se implantó la «navegación en conserva», es decir, la formación de unos convoyes de no menos de diez navíos, artillados y protegidos por barcos de guerra.
Tras considerar las propuestas para el establecimiento de un sistema de navegación que asegurara las comunicaciones entre España y América, Felipe II optó por la de Pedro Menéndez de Avilés y entre 1561 y 1564 se crearon las Flotas de Indias –la de la Nueva España y la de Galeones o de Tierra Firme–, sistema de gran eficacia como mantenedor de la seguridad y del funcionamiento del monopolio comercial español, que perduró hasta la implantación del libre comercio entre los puertos españoles y americanos, ya bien avanzado el siglo XVIII.